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As seis equipes de cada grupo vão se enfrentar entre si em dez rodadas. Os quatro melhores avançam à segunda fase, e os confrontos terão o seguinte critério: 1º do Grupo A1 x 4º do Grupo A2; 2º do Grupo A1 x 3º do Grupo A2; 3º do Grupo A1 x 2º do Grupo A2; e 4º do Grupo A1 x 1º do Grupo A2. Este também será o formato nos demais grupos - A3 x A4, A5 x A6, A7 x A8 e assim sucessivamente. Em cada fase do mata-mata e nos playoffs, os confrontos acontecerão em jogos de ida e volta. Os quatro clubes que forem eliminados nas quartas de final terão nova chance de ascender à Série C de 2027 nos playoffs. Os clubes que chegarem à terceira fase asseguram no mínimo sua participação na Série D de 2027. Os quatro semifinalistas, assim como os vencedores dos playoffs, garantem o acesso à Série C de 2027. O campeão irá se classificar de forma direta para a terceira fase da Copa do Brasil de 2027.